Mie N. HONJO
本 庄 三 恵
略歴
平成13年 (2001年) 3月 京都大学大学院理学研究科修士課程（生物科学専攻）修了
平成18年 (2006年) 7月 京都大学大学院理学研究科博士後期課程（生物科学専攻）修了
京都大学理学博士号 取得
平成18年 (2006年) 8月 総合地球環境学研究所 プロジェクト研究員
平成24年 (2012年) 5月 京都大学生態学研究センター 教務補佐員
平成24年 (2012年) 9月 京都大学生態学研究センター 研究員
平成26年 (2014年) 9月 滋賀県立大学 非常勤講師
令和2年(2020年）4月 京都大学生態学研究センター 准教授
研究業績
原著論文（査読付）
1. Tsugeki NK*, HonjoMN*, Kuwae M (in press) (*equal contribution) Interspecific variation in ephippial size between Daphniagaleata and D. pulicaria in Lake Biwa, Japan. Limnology
2. Honjo MN, Marhold K., Kudoh H. (2020) Experimental evaluation of differences in plastic phenotypesbetween Cardamine fallax and C. occulta: Effects of seasonality on phenology and gross morphology. Acta Phytotaxonomica et Geobotanica 71: 23-32
3. Honjo MN, Emura N., Kawagoe T., Sugisaka J., Kamitani M., Nagano AJ, Kudoh H. (2020) Seasonality of interactions between a plant virus and its host during persistent infection in a natural environment. The ISME Journal 14: 506-518. https://doi.org/10.1038/s41396-019-0519-4
4. Simon NML, Sugisaka J, Honjo MN, Tunstad SA, Tunna G, Kudoh H, Dodd AN. (2020) Altered stomatal patterning accompanies a trichome dimorphism in a natural population of Arabidopsis. Plant Direct 4: e00262
5. Tsujimoto M, Araki KS, Honjo MN, Yasugi M, Nagano AJ, Akama S, Hatakeyama M, Shimizu-Inatsugi R, Sese J, Shimizu KK, Kudoh H. (2020) Genet assignment and population structure analysis in a clonal forest-floor herb, Cardamine leucantha, using RAD-seq. AoB PLANTS 12(1) plz080
6. Honjo MN, Kudoh H. (2019) Arabidopsis halleri: A perennial model system for studying population differentiation and local adaptation. AoB Plants 11(6) , plz076. https://doi.org/10.1093/aobpla/plz076
7. Ito T, Nishio H, Tarutani Y, Emura N, Honjo MN, Toyoda A, Fujiyama A, Kakutani T, Kudoh H. (2019) Seasonal Stability and Dynamics of DNA Methylation in Plants in a Natural Environment. Genes (Basel) 10(7). 544. https://doi.org/10.3390/genes10070544
8. Tanigaki Y, Higashi T, Takayama K, Nagano AJ, Honjo MN, Tezuka A (2019) Simplification of circadian rhythmmeasurement using species-independent time-indicated genes, Current Plant Biology 19, 100118
9. Nagano AJ, Kawagoe T, Sugisaka J, Honjo MN, Iwayama K, Kudoh H (2019) Annual transcriptome dynamics in natural environments reveals plant seasonal adaptation. 5: 74–83, Nature plants, https://doi.org/10.1038/s41477-018-0338-z プレスリリース
10. Kamitani M, Nagano AJ, Honjo MN, Kudoh H (2018) A Survey on Plant Viruses in Natural Brassicaceae Communities Using RNA-Seq, Microbial Ecology, https://doi.org/10.1007/s00248-018-1271-4
11. Kudoh H, Honjo MN, Nishio H, Sugisaka J (2018) The Long-Term "In Natura" Study Sites of Arabidopsis halleri for Plant Transcription and Epigenetic Modification Analyses in Natural Environments. Methods in Molecular Biology, 1830:41-57, https://doi.org/10.1007/978-1-4939-8657-6_3
12. Aryal B, Shinohara W, Honjo MN, Kudoh H (2018) Genetic differentiation in cauline-leaf-specific wettability of a rosette-forming perennial Arabidopsis from two contrasting montane habitats. Annals of Botany, 121(7):1351–1360, https://doi.org/10.1093/aob/mcy033
13. Sakaguchi S, Kimura T, Kyan R, Maki M, Nishino T, Ishikawa N, Nagano AJ, Honjo MN, Yasugi M, Kudoh H, Li P, Choi HJ, Chernyagina OA, Ito M (2018) Phylogeographic analysis of the East Asian goldenrod (Solidago virgaurea complex, Asteraceae) reveals hidden ecological diversification with recurrent formation of ecotypes. Annals of botany, 121: 489–500, https://doi.org/10.1093/aob/mcx182
14. Takeoka M, Higashi T, Honjo MN, Tezuka A, Nagano AJ, Tanigaki Y, Fukuda H (2018) Estimation of the Circadian Phase by Oscillatory Analysis of the Transcriptome in Plants, Environmental Control in Biology, 56(2): 67-72, https://doi.org/10.2525/ecb.56.67
15. Tanigaki Y, Higashi T, Nagano AJ, Honjo MN, Fukuda H (2018) Growth and Environmental Change-Independent Genes Associated with Clock Gene TOC1 in Green Perilla, Environmental Control in Biology, 56(4):137-142, https://doi.org/10.2525/ecb.56.137
16. Phylogenetic relationships of Aurantioideae (Rutaceae) based on RAD-Seq. Tree Genetics & Genomes,14:6, https://doi.org/10.1007/s11295-017-1223-z
17. Kamitani M, Nagano AJ, Honjo MN, Kudoh H (2017) First report of Pelargonium zonate spot virus from wild Brassicaceae plants in Japan. Journal of General Plant Pathology, 83; 329–332
18. Izuno A, Kitayama K, Onoda Y, Tsujii Y, Hatakeyama M, Nagano AJ, Honjo MN, Shimizu-Inatsugi R, Kudoh H, Shimizu KK, Isagi Y (2017) The population genomic signature of environmental association and gene flow in an ecologically divergent tree species Metrosideros polymorpha (Myrtaceae). Molecular Ecology 26: 1515-1532
19. Tanigaki Y, Higashi T, Nagano AJ, Honjo MN, Fukuda H. Transcriptome Analysis of a Cultivar of Green Perilla (Perilla frutescens) Using Genetic Similarity with Other Plants via Public Databases. (2017). Environmental Control in Biology 55 (2): 77-83
20. Penjor T, Mimura T, Kotoda N, Matsumoto R, Nagano AJ, Honjo MN, Kudoh H, Yamamoto M, Nagano Y. (2016) RAD-Seq analysis of typical and minor Citrus accessions, including Bhutanese varieties. Breeding Science 66: 797–807
21. Hoshino A, Jayakumar V, Nitasaka E, Toyoda A, Noguchi H, Itoh T, Shin-I T, Minakuchi Y, Koda Y, Nagano AJ, Yasugi M, Honjo MN, Kudoh H, Seki M, Kamiya A, Shiraki T, Carninci P, Asamizu E, Nishide H, Tanaka S, Park Kl, Morita Y, Yokoyama K, Uchiyama I, Tanaka Y, Tabata S, Shinozaki K, Hayashizaki Y, Kohara Y, Suzuki Y, Sugano S, Fujiyama A, Iida S, Sakakibara Y (2016) Genome sequence and analysis of the Japanese morning glory, Ipomoea nil. Nature Communications 7:13295
22. Kamitani M, Nagano AJ, Honjo MN, Kudoh H. (2016) RNA-Seq reveals virus-virus and virus-pant interactions in nature. FEMS Microbiology Ecology, 92(11): fiw176.
23. Higashi T, Aoki K, Nagano AJ, Honjo MN, Fukuda H. (2016) Circadian Oscillation of the Lettuce Transcriptome under Constant Light and Light-dark Conditions. Frontiers in Plant Science. 7: Article 1114.
24. Hagiwara-Komoda Y, Hee CS, Sato M, Atsumi G, Abe J, Fukuda J, Honjo MN, Nagano AJ, Komoda K, Nakahara K, Uyeda I, Naito S. (2016) Truncated yet functional viral protein produced via RNA polymerase slippage implies underestimated coding capacity of RNA viruses. Scientific Reports. 6: 21411
プレスリリース：https://www.lfsci.hokudai.ac.jp/info/1541.html
25. Higashi T, Tanigaki Y, Takayama K, Nagano A J, Honjo MN, Fukuda H. (2016) Detection of diurnal variation of tomato transcriptome through the molecular timetable method in a sunlight-type plant factory. Frontiers in Plant Science. 7 Article 87
26. Tanigaki Y, Higashi T, Takayama K, Nagano AJ, Honjo MN, Fukuda H. (2015) Transcriptome Analysis of Plant Hormone-Related Tomato (Solanum lycopersicum) Genes in a Sunlight-Type Plant Factory. PloS one. 10 (12), e0143412
27. Sakaguchi S, Sugino T, Tsumura Y, Ito M, Crisp MD, Bowman DMJS, Nagano AJ, Honjo MN, Yasugi M, Kudoh H, Matsuki Y, Suyama Y, Isagi Y., (2015) High-throughput linkage mapping of Australian white cypress pine (Callitris glaucophylla) and map transferability to related species. Tree Genetics & Genomes. 11: 1-12
28. Ushio M, Yamasaki E, Takasu H, Nagano AJ, Honjo MN, Fujinaga S, Ikemoto M, Sakai S, Kudoh H. (2015) Microbial communities on flower surfaces act as signatures of pollinator visitation. Scientific Reports. 5 Article number:8695
29. Nagano AJ*, Honjo MN*, Mihara M, Sato M, Kudoh H (*equal contribution) (2015) Detection of plant viruses in natural environments by using RNA-seq Methods in Molecular Biology. 1236: 89-98
30. Minamoto T, Pu X, Xie J, Dong Y, Wu D, Kong H, Yang X, Takahara T, Honjo MN, Yamanaka H, Kawabata Z. (2015) Monitoring fish pathogenic viruses in natural lakes in Yunnan, China. Limnology. 16: 69-77
31. Takahara T, Honjo MN, Uchii K, Minamoto T, Doi H, Ito T, Kawabata Z. (2014) Effects of daily temperature fluctuation on the survival of carp infected with Cyprinid herpesvirus 3. Aquaculture. 433: 208–213
32. Uchii K, Minamoto T, Honjo MN, Kawabata Z. (2014) Seasonal reactivation enables Cyprinid herpesvirus 3 to persist in a wild host population. FEMS Microbiology Ecology. 87:536-542
33. Xie J, Wu D, Chen X, Kong H, Pu X, Yang X, Minamoto T, Yamanaka H, Honjo MN, Kawabata Z. (2013) Relationship between aquatic vegetation and water quality in the littoral zones of Lake Dian-chi and Lake Er-hai. Environmental Science & Technology [Wuhan] (in Chinese with English abstract) 36: 61-65
34. Honjo MN, Minamoto T, Kawabata Z. (2012) Reservoirs of Cyprinid herpesvirus 3 (CyHV-3) DNA in sediments of natural lakes and ponds. Veterinary Microbiology. 155: 183–190, https://doi.org/10.1016/j.vetmic.2011.09.005
35. Minamoto T, Honjo MN, Yamanaka H, Uchii K, Kawabata Z. (2012) Nationwide Cyprinid herpesvirus 3 contamination in natural rivers of Japan. Research in Veterinary Science. 93: 508-514
36. *Minamoto T, *Yamanaka H, Takahara T, Honjo MN, Kawabata Z. (*equal contribution) (2012) Surveillance of fish species composition using environmental DNA. Limnology. 13: 193-197
37. Takahara T, Yamanaka H, Suzuki AA, Honjo MN, Minamoto T, Yonekura R, Itayama T, Kohmatsu Y, Ito T, Kawabata Z. (2011) Stress response to daily temperature fluctuation in common carp Cyprinus carpio L.. Hydrobiologia. 675: 65-73.
38. Kawabata Z., Minamoto T, Honjo MN, Uchii K, Yamanaka H, Suzuki AA, Kohmatsu Y, Asano K, Itayama T, Ichijo T, Omori K, Okuda N, Kakehashi M, Nasu M, Matsui K, Matsuoka M, Kong H, Takahara T, Wu D, Yonekura R. (2011) Environment-KHV-carp-human linkage as a model for environmental diseases. Ecological Research. 26 :1011-1016
39. Minamoto T, Honjo MN, Yamanaka H, Tanaka N, Itayama T, Kawabata Z. (2011) Detection of cyprinid herpesvirus-3 DNA in lake plankton. Research in Veterinary Science 90 :530-532.
40. Uchii K, Telschow A, Minamoto T, Yamanaka H, Honjo MN, Matsui K, Kawabata Z. (2011) Transmission dynamics of an emerging infectious disease in wildlife through host reproductive cycles The ISME Journal. 5: 244-251
41. Honjo MN, Minamoto T, Matsui K, Uchii K, Yamanaka H, Suzuki AA, Kohmatsu Y, Iida T, Kawabata Z. (2010) Quantification of cyprinid herpesvirus-3 (CyHV-3) in environmental water using an external standard virus. Applied and Environmental Microbiology. 76: 161-168, https://doi.org/10.1128/AEM.02011-09
42. Minamoto T, Honjo MN, Kawabata Z. (2009) Seasonal Distribution of Cyprinid Herpesvirus 3 in Lake Biwa, Japan. Applied and Environmental Microbiology. 75 6900-6904
43. Minamoto T, Honjo MN, Uchii K, Yamanaka H, Suzuki AA, Kohmatsu Y, Iida T, Kawabata Z. (2009) Detection of cyprinid herpesvirus 3 DNA in river water during and after an outbreak. Veterinary Microbiology. 135: 261-266
44. Matsui K, Honjo M, Kohmatsu Y, Uchii K, Yonekura R, Kawabata Z. (2008) Detection and significance of koi herpesvirus (KHV) in freshwater environments. Freshwater Biology. 53: 1262-1272
45. Honjo M, Matsui K, Ishii N, Nakanishi M, Kawabata Z. (2007) Viral abundance and its related factors in a stratified lake. Fundamental and Applied Limnology/ Archiv für Hydrobiologie. 168: 105-112, https://doi.org/10.1127/1863-9135/2007/0168-0105
46. Honjo M, Matsui K, Ueki M, Nakamura R, Fuhrman JA, Kawabata Z. (2006) Diversity of virus-like agents killing Microcystis aeruginosa in a hyper-eutrophic pond. Journal of Plankton Research. 28: 407-412, https://doi.org/10.1093/plankt/fbi128
47. Matsui K, Ishii N, Honjo M, Kawabata Z. (2004) Use of the SYBR Green I fluorescent dye and a centrifugal filter device for rapid determination of dissolved DNA concentration in fresh water. Aquatic Microbial Ecology. 36: 99-105
48. Matsui K, Honjo M, Kawabata Z. (2001) Estimation of the fate of dissolved DNA in thermally stratified lake water from the stability of exogenous plasmid DNA. Aquatic Microbial Ecology. 26: 95-102
学会口頭発表
1. 本庄 三恵・永野 惇・川越 哲博・杉阪 次郎・榮村 奈緒子・神谷 麻梨・工藤 洋 ハクサンハタザオとカブモザイクウイルスの相互作用における季節性 近畿植物学会 2018 (京都) 2018.11.17
2. 本庄三恵・永野惇・川越哲博・杉阪次郎・榮村奈緒子・神谷麻梨・工藤洋 自然生態系での植物ウイルスと宿主遺伝子発現の季節変動 環境微生物系学会合同大会2017 (仙台) 2017.8.29-31
3. 本庄三恵・永野惇・川越哲博・杉阪次郎・榮村奈緒子・神谷麻梨・工藤洋 RNA-Seqを用いて見えてくる自然植物集団内でのウイルスの動態と宿主遺伝子発現の変動 (シンポジウム:技術革新が拓く植物の自然史、招待講演) 日本植物学会第80回大会(宜野湾) 2016.9.16-19
4. 岩山幸治・本庄三恵・岩崎貴也・永野惇、トピックモデルによる野外トランスクリプトームデータの解析 第103回MPS・第42回BIO合同研究発表会 (国頭郡)、2015.6.23-25
5. 加藤徹朗・金子彰・本庄三恵・八杉公基・永野惇・工藤洋・森 一樹・久原 哲・竹内祐子 RAD-seqを用いたマツノザイセンチュウ組み換え近交系の重要形質関連遺伝子群の探索. 第125回日本森林学会大会(さいたま)、2014.3.26-30
1. 辻本典顕・荒木希和子・八杉公基・本庄三恵・永野惇・工藤洋 野外植物集団における遺伝構造のRAD-Seq による解析 日本植物学会第77回大会(札幌)、シンポジウム、2013.9.15-17
2. 寺上伸吾・永野惇・本庄三恵・工藤洋・山本俊哉 ニホングリにおけるRAD-Seqを利用した連鎖地図の構築とゲノムワイド関連解析、NGS現場の会第3回(神戸)、2013.9.4-5
3. 本庄三恵・源利文・川端善一郎 環境水中のウイルス定量：水域生態系での感染症研究への適用. 日本陸水学会第77回大会（名古屋）、2012.9.14-17
4. 源利文・山中裕樹・高原輝彦・本庄三恵・川端善一郎 環境DNAを用いた魚類相の定性的把握法. 日本陸水学会第77回大会（名古屋）、2012.9.14-17
5. Honjo MN, Minamoto T, Kawabata Z. Seasonal and spatial distribution of Cyprinid herpesvirus 1 and Cyprinid herpesvirus 2 in Lake Biwa, Japan. 日本生態学会第59回全国大会(大津) 、 2012.3.17-21
6. 源利文・本庄三恵・山中裕樹・川端善一郎 環境DNAを用いた魚類相把握法の開発. 日本生態学会第58回全国大会(札幌)、 2011.3.8-12
7. 源利文・本庄三恵・山中裕樹・内井喜美子・川端善一郎 全国の自然河川におけるコイヘルペスウイルスの分布. 日本陸水学会第75回大会(弘前), 2010.9.17-20
8. 本庄三恵・源利文・川端善一郎 堆積物におけるコイヘルペスウイルスの検出・定量. 第57回日本生態学会(東京)、2010.3.15-20
9. 山中裕樹・曽我部篤・大森浩二・源利文・三木健・齋藤保久・内井喜美子・本庄三恵・鈴木新・神松幸弘・川端善一郎 コイの行動性体温調節と環境水温の時空間的不均一性がコイヘルペスウイルス症の蔓延に与える影響について. 日本生態学会第57回全国大会(東京)、2010.3.15-20
10. 源利文・本庄三恵・内井喜美子・山中裕樹・鈴木新・神松幸弘・米倉竜次・大森浩二・板山朋聡・田中伸幸・浅野耕太・白江祐介・奥田昇・川端善一郎 コイヘルペスウイルス感染症と人間の相互作用環（シンポジウムS12: 環境改変-感染症-人間のつながり）. 日本生態学会第57回全国大会(東京)、2010.3.15-20
11. 田中伸幸・板山朋聡・源利文・本庄三恵・川端善一郎 環境水中の低密度ウイルスに対する濃縮システムの開発. 第44回日本水環境学会年会(福岡)、 2010.3.15-17
12. Honjo MN, Minamoto T, Kawabata Z. Detection of cyprinid herpesvirus-3 (CyHV-3) in environmental water and sediments. Workshop on the Linkage between CyHV-3 (KHV) and Humans, May 13,2010-May 18,2010, Jerusalem, Israel .
13. Minamoto T, Honjo MN, Kawabata Z. Seasonal dynamics of CyHV-3 in natural freshwater environments. Workshop on the Linkage between CyHV-3 (KHV) and Humans, May 13,2010-May 18,2010, Jerusalem, Israel.
14. 源利文・本庄三恵・川端 善一郎 琵琶湖におけるコイヘルペスウイルスの動態解析. 第74回日本陸水学会(大分)、2009.9.17
15. 山中裕樹・曽我部篤・大森浩二・源利文・内井喜美子・本庄三恵・鈴木新・神松幸弘・川端善一郎 野外におけるコイの行動性体温調節とその季節変化：コイヘルペスウイルス病蔓延時期との対応について. 第74回日本陸水学会(大分)、2009.9.17
16. Honjo MN Detection of cyprinid herpesvirus 3 DNA in lake sediments.Workshop on CyHV-3 disease in an environment-human linkage, (in Kyoto, Japan) 2009.4.8.
17. 源利文・本庄三恵・川端善一郎 琵琶湖におけるコイヘルペスウイルスの分布と季節変化. 第56回日本生態学会(盛岡)、2009.3.17-21
18. 本庄三恵・源利文・松井一彰・内井喜美子・山中裕樹・鈴木新・神松幸弘・飯田貴次・川端善一郎 環境水中に存在するコイヘルペスウイルスの定量 第73回日本陸水学会(札幌)、2008.10.11
19. Tanaka N, Itayama T, Honjo M, Minamoto T, Kawabata Z.「Development of a Rapid Concentration System for Virus in Environmental water」12th International Conference on Integrated Diffuse Pollution Management (IWA DIPCON 2008) (in Khon Kaen, Thailand) 2008.8.27
20. Kawabata Z, Minamoto T, Honjo MN, Uchii K, Yamanaka H, Suzuki AA, Kohmatsu Y.「KHV-Carp-Human linkages: Case study in Lake Biwa, Japan」International Symposium on Environmental Change, Pathogens, and Human Linkages (in Kyoto, Japan) 2008.6.11
21. 田中伸幸・本庄三恵・川端善一郎・板山朋聡 ウイルス状粒子の迅速濃縮法とKHVの検出. 第42回日本水環境学会（名古屋）、2008.3.19
22. 本庄三恵・垣原登志子・藤原正幸・Choi Kwangsoon・植木昌也・川端善一郎 Microcystis aeruginosaを死滅させるウイルス様因子の組成と殺藻能力に与える水温の影響. 第71回日本陸水学会（松山）2006.9.15-18
23. 本庄三恵・垣原登志子・福島忠雄・藤原正幸・Choi Kwangsoon・植木昌也・川端善一郎 Microcystis aeruginosaを死滅させるウイルスの多様性とその潜在的殺藻能力. 第69回日本陸水学会（新潟）2004.9.17-20
24. 中村亮太・植木昌也・本庄三恵・川端善一郎 Microcystis溶解細菌の溶解作用に対する付着細菌群集の影響. 第69回日本陸水学会（新潟）2004.9.17-20
25. 松井一彰・本庄三恵・川端善一郎 プラスミドDNAを用いた湖における細胞外DNAの消長解析. 第17回日本微生物生態学会（静岡）2001.11.11
26. 本庄三恵・松井一彰・石井信昌・中西正己・川端善一郎 琵琶湖北湖におけるウィルスの鉛直分布とその要因. 第65回日本陸水学会（福岡）2000.9.15-17
27. 本庄三恵, ・松井一彰・中西正己・川端善一郎 琵琶湖北湖におけるリンの存在形態とその量の鉛直分布. 第65回日本陸水学会（福岡）2000.9.15-17
ポスター発表
1. 本庄三恵・永野惇・川越哲博・杉阪次郎・榮村奈緒子・神谷麻梨・工藤洋 季節的温度環境がもたらすウイルスー宿主の長期共存機構 日本進化学会第20回大会(東京) 2018.8.22-25
2. 本庄三恵・永野惇・川越哲博・杉阪次郎・榮村奈緒子・神谷麻梨・工藤洋 遺伝子発現解析から見える多年生草本植物におけるウイルスー宿主相互作用の季節動態 第65回日本生態学会(札幌) 2018.3.14∼18
3. 本庄三恵・永野惇・川越哲博・工藤洋 自然環境下でハクサンハタザオに感染するカブモザイクウイルスと宿主遺伝子発現の季節動態 第57回日本植物生理学会(盛岡) 2016.3.18- 20
4. 本庄三恵・永野惇・川越哲博・工藤洋 野外植物ハクサンハタザオに感染するカブモザイクウイルスの季節動態 第47回種生物学シンポジウム(岐阜羽島)、 2015.12.4-6
5. 工藤洋・永野惇,・川越哲博・本庄三恵・杉阪次郎 分子フェノロジー：網羅的遺伝子発現の季節解析 日本生態学会第62回全国大会(鹿児島) 2015.3.18-22
7. 工藤洋・永野惇・川越哲博・本庄三恵・杉阪次郎 分子フェノロジー：網羅的遺伝子発現の季節解析 日本生態学会第62回全国大会 (鹿児島) 2015.3.18-22
8. 辻本典顯・荒木希和子・八杉公基 ・本庄三恵・永野惇・工藤洋 クローン植物の優占ジェネットにおけるラメット生産様式：自然集団と移植実験による解析 日本生態学会第62回全国大会(鹿児島) 2015.3.18-22
9.
10. 阪口翔太・杉野壮・Michael Crisp・永野惇・本庄三恵・工藤洋・津村義彦・伊藤元己・井鷺裕司 高密度連鎖地図上でのヒノキ科Callitris属のゲノム分化推定日本植物分類学会第14回大会(福島）2015.3.5-8
11. 阪口翔太・堀江健二・石川直子・永野惇・本庄三恵・工藤洋・伊藤元己 北海道蛇紋岩地帯におけるアキノキリンソウ属植物の土壌エコタイプ形成 日本植物分類学会第14回大会(福島)2015.3.5-8
12. 辻本典顯・荒木希和子・八杉公基、本庄三恵・永野惇・工藤洋 「クローン植物集団における優占ジェネットのラメット生産様式の多型」第46回 種生物学シンポジウム2014.12.5.-7
13. Kato T., Kaneko A., Honjo M. N., Nagano A. J., Kudoh H., Mori K., Kikuchi T., Kuhara S., Futai K., Takeuchi Y. Phenotype/genotype association for pathogenesis of the pine wood nematode, Bursaphelenchus xylophilus Japan-Korea Joint Symposium on Nematology 2014 (in Tsukuba, Japan) 2014.9.18-19
14. Izuno A., Kitayama K., Ueno S., Nagano A. J., Onoda Y., Tsujii Y., Honjo M. N., Kudoh H., Isagi Y. The genetic bases of the variation in leaf traits of Metrosideros polymorpha uncovered by transcriptome and genomic sequencing. An International Conference on Island Evolution, Ecology, and Conservation (in Honolulu, USA) 2014.7.7-11
15. Emura N., Isagi Y., Honjo M.N., Nagano A.J., Kudo H., Denda T., Ueda K. Genomic analysis of fruit dimorphism in a pantropical species Scaevola taccada by RAD sequencing data. An International Conference on Island Evolution, Ecology, and Conservation (in Honolulu, USA) 2014.7.7-11
16. 伊津野彩子・上野真義・永野惇・小野田雄介・辻井悠希・北山兼弘・本庄三恵・工藤洋・井鷺裕司 ハワイフトモモの葉形質多型における遺伝的基盤をRNA-seqにより解明する. 日本生態学会第61回全国大会(広島)、2014.3.17-21
17. 辻本典顯・荒木希和子・八杉公基・本庄三恵・永野惇・工藤洋 クローナル植物コンロンソウ集団の遺伝構造と生活史形質におけるジェネット間差の解析. 日本生態学会第61回全国大会(広島)、 2014.3.17-21
18. 永野惇・辻本典顯・本庄三恵・荒木希和子・工藤洋 安価で多検体処理が可能なゲノムワイド多型解析法（改良版RAD-Seq）および遺伝子発現解析法（RNA-Seq）の開発と提供. 第44回種生物学会シンポジウム（高島）、2012.12.7-9
19. Honjo MN, Minamoto T, Yamanaka H, Takahara T, Kawabata Z. Seasonal and spatial distribution of Cyprinid herpesvirus 3 in water and sediment of a lagoon of lake Biwa, Japan. 2012 ASLO Aquatic Sciences Meeting, (in Otsu, Japan.), 2012. 7. 8-13
20. 高原輝彦・山中裕樹・鈴木新・本庄三恵・源利文・米倉竜次・板山朋聡・神松幸弘・伊東尚史・川端善一郎 コイにとっての岸辺環境の有用性とストレス回避のトレードオフ. 日本生態学会第58回全国大会(札幌)、 2011.3.8-12
21. 山中裕樹・神松幸弘・源利文・本庄三恵・内井喜美子・鈴木新・川端善一郎 湖岸形態と水温分布：魚類への影響の考察. 第56回日本生態学会(盛岡)、2009.3.17-21
22. 松井一彰・本庄三恵・川端善一郎・内井喜美子 大腸菌における遺伝子水平伝播経路を指標にした淡水環境特性の評価. 第24回微生物生態学会(札幌)、2008.11.25-28
23. Honjo MN, Minamoto T, Matsui K, Uchii K, Yamanaka H, Suzuki AA, Kohmatsu Y, Iida T, Kawabata Z. 「Quantification method of Koi herpesvirus (KHV) in environmental water using cation-coated filter method and external standard virus」International Symposium on Environmental Change, Pathogens, and Human Linkages (in Kyoto, Japan) 2008.6.11
24. Matsui K, Honjo M, Ueki M, Koumatsu Y, Kawabata Z. 「Detection of Koi Herpesvirus (KHV) in freshwater environment」RIHN First International Symposium-Water and Better Human Life in the Future- (in Kyoto, Japan) 2006.11.6-8
25. Honjo M, Matsui K, Ueki M, Nakamura R, Fuhrman JA, Kawabata Z.「Diversity of viruses infectious to bloom-forming cyanobacteria, Microcystis aeruginosa in a hyper-eutrophic pond」Symposium “Perspectives of the Biodiversity Research in the Western Pacific and Asiain the 21st Century” (in Kyoto, Japan) 2003.12.18-19
26. Honjo M, Matsui K, Ueki M, Nakamura R, Kawabata Z.「Diversity of cyanophages infectious to Microcystis aeruginosa in a hyper-eutrophic pond」THE 3rd ALGAL VIRUS WORKSHOP（in Hiroshima, Japan）2002.5.25
報告書
1. 本庄三恵、松井一彰、川端善一郎 (2007) 「アオコが発生するアクアトロンの水質が遺伝子伝播頻度に与える影響」平成16-18年度科学研究補助金（基盤研究Ａ）アクアトロンを用いた水域生態系における異なる遺伝子伝播経路の解析- 成果報告書. pp 39-41
2. Honjo M, Matsui K, Ishii N, Nakanishi M, Kawabata Z.（2001）Vertical distribution of viruses and related factors in a stratified lake. 平成10-12年度科学研究費補助金 (基盤A1) 21世紀の環境構造変化に対応できる「琵琶湖標準モデル」の開発 −物理・化学・生物の普遍則に立脚した一般性のある予測モデルの新構築- 成果報告書．pp. 86-90.